“Giám mục Bá Đa Lộc chỉ mới biết vua Gia Long bắt đầu từ năm 1780, khi ngài lên ngôi vương ở Gia Định”, sách Nguyễn Văn Tường và cuộc chiến chống đô hộ Pháp của nhà Nguyễn của Giáo sư Nguyễn Quốc Trị, do Khai Tâm và NXB Tổng hợp TP.HCM ấn hành, vừa nhận giả thưởng Sách Hay lần thứ 10, ở hạng mục sách phát hiện mới, khẳng định: “Thực ra đây chỉ là một sự phao dựng của sử thuộc địa. Còn vào năm 1777, vua mới 16 tuổi ta (sinh năm 1762) đang giữ một chức vị nhỏ, chưa vợ con. Thời điểm Nguyễn Ánh lánh sang đảo Thổ Châu khi đó là vào cuối thu và đầu đông, những người trong gia đình, mẹ, vợ, con và chị em cũng không thể có mặt cùng ngài như tài liệu Pháp nói. Mẹ và chị em gái của vua lúc đó còn ẩn náu ở miền Trung, làng Yên (An) Du, H.Minh Linh (Quảng Trị). Mãi cho đến 2 năm sau, họ mới vào đến Gia Định, do Cai Cơ Lê Phúc Điển (chồng của trưởng công chúa Ngọc Tú, người sau đó đã hy sinh để cứu mạng vua), ra đón”.
Theo Giáo sư Nguyễn Quốc Trị: “Người vợ đầu tiên, sau này là Thừa Thiên Cao Hoàng hậu, được vua cưới năm Mậu Tuất (1778), sau khi Nguyễn Ánh từ nơi trú ẩn, Thổ châu về lấy lại đất Gia Định và được quan quân cử lên làm Đại nguyên soái Nhiếp chính quốc. Bà là con của Chưởng dinh Ngoại tả Tống Phúc Khuông, trong hàng tứ trụ, đi theo Chúa Nguyễn Phúc Thuần vào Nam. Rồi đến hai năm sau, cuối xuân Canh Tý, bà mới sinh Hoàng tử cả Cảnh. Trước đó, bà có sinh một hoàng tử tên là Chiêu, nhưng mất sớm”.
Sách đã dẫn lập luận: “Một Thừa sai Pháp thuộc hạ của Giám mục Bá viết rằng Nguyễn Ánh đã được chính Đức cha “đem giấu trốn và sai Hồ Văn Nghị đem thức ăn nuôi sống”. Tin này chưa thể tin cậy hoàn toàn, vì do một người bị “bệnh thần kinh” là linh mục Faulet nói ra ba năm sau thời điểm xảy ra sự việc, chỉ dựa vào lời kể những người đồng đạo, không được xác nhận bởi chính Đức cha Bá hoặc phía VN. Hơn nữa, lời nói của một linh mục luôn cần phải được phối kiểm hư thực, vì như Rheinart (Khâm sứ Trung kỳ - PV) đã nói, tin tức của các Thừa sai “không bao giờ chính xác và thường không đúng sự thật”. Còn tài liệu Pháp được các nhà khảo cứu thượng thặng như Maybon, Cadière xác nhận là đúng, thì cho rằng đó là sự tuyên truyền của chính sử Việt theo cách đề cao chân mạng đế vương của vua Gia Long, chứ sự thực là giám mục Bá Đa Lộc đã cứu ngài khỏi chết dưới bàn tay Tây Sơn?".
Rõ ràng đây là sự bịa đặt hoàn toàn thiếu cơ sở. Bằng những tư liệu hết sức thuyết phục, Giáo sư Nguyễn Quốc Trị đã chứng minh tiếp, rằng: Cuốn sử nặc danh do nhà in của Dòng Tân Định xuất bản lần thứ hai (năm 1884) có tường thuật vụ này với nhiều chi tiết sai lạc, không ăn khớp với chính sử nhà Nguyễn: Vua Gia Long thoát nạn khi Hoàng Tôn Dương hay Tân Chính vương bị Tây Sơn bắt giết, chớ không phải khi Duệ Vương bị nạn này, như Thực lục đã nói. Vua được “thầy cả bổn quốc” Phao Lồ (Paul Nghị) cứu khi cùng với một người đầy tớ dùng thuyền nhỏ tìm nơi ẩn náu trong rừng. Ông Phao Lồ cũng trên đường đi trốn, đưa vua lên thuyền của mình rồi chèo qua Hà Tiên giấu trong nhà Đức Thầy Vê Rô (Bá Đa Lộc) lúc Đức Thầy đã sang Cao Miên. Ở nhà này được một tháng thì sợ Tây Sơn tìm ra, nên Phao Lồ đưa ngài vào rừng vắng và “thỉnh thoảng chở đồ ăn đến cho mà thôi”.
Như vậy được “hai ba tháng”, rồi Đức Thầy Vê Rô ở Cao Miên về “đem một Langsa, tên là Gioang, có nghề võ, vô cùng bạo dạn can đảm và có tài đánh giặc”. Nhờ ông Gioang chế ra và sử dụng trái phá làm cho quân Tây Sơn khiếp đảm nên Nguyễn Ánh lấy lại được miền Long Hồ. Theo linh mục Bouillevaux thì cũng chính nhờ Jean (Gioang) này mà chúa Nguyễn Ánh lấy lại đất Nam Kỳ.
Từ đó, sách Nguyễn Văn Tường và cuộc chiến chống đô hộ Pháp của nhà Nguyễn cho rằng “Sự việc xảy ra quá lâu so với thời gian và những gì nói trong Thực lục là chỉ diễn tiến từ tháng 9 - 10.1777. Chuyện vua rời sang đảo Thổ Châu cũng không thấy nói đến, còn chuyện ông Gioang không thấy một tài liệu phía Việt nào đả động. Câu chuyện trở nên gần sự thật hơn khi ông Maybon, một sử gia đứng đắn của Pháp cho rằng “hình như đúng là, theo các bằng chứng Âu châu, vào tháng 9 - 10.1777, Nguyễn Ánh có trốn ở nơi gần một ngôi rừng kề trụ sở chủng viện, và giám mục có cho người mang đến ông lương thực một cách đều đặn qua sự trung gian của Paul Nghị và Đức cha giúp đỡ cho việc đào tẩu của ông sang Poulo Panjang (Thổ Châu) liền sau khi Tây Sơn rút đi”. Ở chỗ này, Thực lục có kể lại một chi tiết, sở dĩ vua Gia Long thoát nạn được là nhờ một duyên may, khi thuyền vua “định nhân ban đêm vượt biển để lánh giặc. Bỗng có con cá sấu cản ngang mũi thuyền ba lần bèn thôi. Sớm mai dò biết đêm ấy có thuyền giặc ở phía trước”.
Vì vậy, câu chuyện lan truyền như lâu nay cho rằng giám mục Bá Đa Lộc có cứu mạng vua Gia Long khỏi nhà Tây Sơn rất khó có thể xảy ra: “Nếu sử gia Maybon đối chiếu các tin trên xuất phát từ Tây Âu với bản tin của Thực lục mà ông đọc rất kỹ thì thấy ngay sự bịa đặt của những kẻ đưa ra các tin này, phải chăng để mạt sát vua Gia Long và con cháu đã vong ơn bội nghĩa đối với những người đã cứu mạng sống cho ngài. Còn Maybon nghi ngờ Thực lục thì xin kiểm soát chặt chẽ, thay vì chỉ nói khống là chính sử Việt cố ý không nói đến việc giám mục Bá Đa Lộc cứu vua Gia Long”, giáo sư Nguyễn Quốc Trị đúc kết.